Secara linguistik historis bahasa Gebe (Gb) termasuk anggota Subkelompok Halmahera Selatan (HS). Dalam simpai pencabangan Kamholz (2014a), Subkelompok Halmahera Selatan pecah menjadi tiga, yaitu (1) Halmahera Selatan-Selatan (HSS) (Gane dan Taba), (2) Kelompok Halmahera Timur-Tengah-Selatan (HTTS) (Maba, Buli, Patani, dan Sawai), dan (3) Gebe. Mengenai hal tersebut dapat dipersoalkan apakah bahasa Gebe lebih dekat ke subkelompok pertama atau kedua, serta apa bukti yang menerangjelaskannya? Kedua hal tersebut akan dibahas dalam tulisan ini dengan menggunakan pendekatan linguistik historis khususnya metode inovasi bersama. Tingginya inovasi bersama secara fonologi dan leksikal menunjukkan bahasa Gebe lebih erat hubungannya dengan Subkelompok Halmahera Timur-Tengah-Selatan. Secara fonologi ditemukan inovasi bersama tidak teratur, yaitu : (1) Gebe bersama bahasa-bahasa HTTS merealisasikan /y/: yali-yali ‘cincin’, sedangkan dalam HSS /ø/: ali-ali; (2) Gebe bersama bahasa-bahasa HTTS tidak merealisasikan suku awal do-, HTTS: bɛt dan Gebe: bat, untuk makna ‘sawah’, sedangkan dalam HSS sebaliknya: dɔba, yaitu HTTS: bɛt dan Gebe: bat; dan (3) Gebe bersama HTTS merealisasikan /p/ pada posisi antarvokal: (k)ip(i,ɛ)s ‘banjir’ sedangkan dalam bahasa-bahasa HSS muncul sebagai /h dan w/: ki(h,w)is. Secara leksikal, Gebe bersama bahasa-bahasa HTTS merealisasikan bentuk yang sama untuk makna ‘kering’, ‘jagung’, ‘gasing’, ‘kampung’, dan ‘kucing’, secara berturut-turut: maŋ, kastela, guman, pnu(ʔ), b(ɔ,o)ki sedangkan dalam bahasa-bahasa HSS: gamɔs, kaduma/gɔcila, bulai/piɔŋ, malɔ, dan tusa. Lebih jauh, ternyata bahasa Gebe lebih erat dengan bahasa Maba, yang ditandai oleh tingginya inovasi bersama butir leksikal dan didukung oleh tiga inovasi bersama fonologi secara teratur dan tiga inovasi bersama fonologi secara tidak teratur. Kata kunci: linguistik historis, inovasi bersama, bahasa, fonologi, dan leksikon.